基本的なお祀り方は神棚とあまり変わりはありません。
神棚の場合は狛犬や御幣（金幣）をおく場合があり、祖霊舎（神徒壇・御霊舎）ではおきませんが、その他の神具に関しましては同じになります。
具体的には神鏡を１つ・真榊を１対（２つ）・榊立を１対（２つ）・水玉（水器・水入）を１つ）・瓶子（平子・酒器）を１対（２つ）・土器（かわらけ・白皿・平皿）を１対（２つ）・篝火（火立）を１対（２つ）お供えします。
榊は、毎月１日と１５日に新しいものに取り替え、その他のお供えは毎日新しいものをお供えします。
お水に関してはその日初めて汲んだ水が良いとされています。
これに加え翠簾（御簾）を付けたり、三宝（三方）を用い、お供え物を載せたり水玉・瓶子・土器を載せたりもします。

祖霊舎には中に扉がありその内側に霊璽（御霊代）をお祀りします。
ちなみに神棚の場合は御札をお祀りします。その際中央が神宮大麻（天照皇大神宮）、向かって右が氏神神社、左が崇拝する神社の御札をお祀りします。
重ねる場合は手前から神宮大麻（天照皇大神宮）、氏神神社、崇拝する神社の御札の順になります。

お供えが終わった際やお参りの際に拝礼をするのですが、その際の方法は神棚と同様に２回お辞儀をし、２回拍手を打ち、１回お辞儀をする、二拝二拍手一拝が基本となります。
神棚、祖霊舎両方お参りする場合、順番は神棚を先に拝礼し、祖霊舎はそのあとに拝礼をするのが一般的です。

地域によっては土器（かわらけ）を２枚使い、お参りの際などに片側にお米（洗米）を盛りそのお米をもう片側に摘まんで移すそうです。
方向や移す量はさまざまですが右から左に移すことが多いようです。
移したお米もその後、戻して使ったり、下げてしまったりと決まりはありません。